Pemanfaatan Bioinformatika

Filogenetik Populasi Udang Jerbung dengan Bantuan Bioinformatika untuk Program Pemuliaan dan Usaha Budidaya

Di dunia beberapa jenis organisme yang memiliki nilai ekonomis tinggi masih diambil dari alam. Padahal Setiap tahun kebutuhan manusia akan makanan terus bertambah. Jika organisme -organisme tersebut terus menerus diambil akan menyebabkan stok di alam akan mengalami penurunan yang drastis bahkan dapat mengalami kepunahan . Dalam dunia perikanan peran pembudidaya untuk mengurangi ketergantungan pengambilan ikan di alam untuk dikonsumsi sangat diperlukan. Di harapkan para pembudidaya dapat membudidayakan organisme-organisme penting yang mempunyai nilai ekonomis tinggi. Penyediaan induk ikan dari hasil budidaya harus segera dikembangkan  untuk mencegah punahnya ikan akibat diambil secara terus menerus . Domestikasi ikan atau akuakultur secara keseluruhan telah berperan dalam pening-katan produksi ikan dunia yang terjadi dalam 18 tahun terakhir ini (Naylor et al., 2000)...

Salah satu organisme diperairan yang memiliki nilai ekonomis tinggi adalah udang Jerbung (Fenneropeanus merguensis de Man). Namun sayangnya udang ini masih banyak diambil di alam , sehingga stock di alam semakin menipis. Untuk menyelamatkan kepunahan udang ini penyediaan induk udang jerbung dari budidaya harus segera dikembangkan. Keberhasilan domestifikasi udang jerbung akan mendukung keberhasilan budidaya melalui penyediaan benur yang bermutu. Udang Jerbung dapat menjadi kandidat spesies dalam program pemuliaan melalui pemijahan selektif. Sehubungan dengan hal-hal tadi beberapa peneliti dari Pusat Riset Perikanan Budidaya Jakarta dan Departemen Budidaya Perairan FPIK IPB melakukan penelitian tentang “Fillogenetik Populasi Udang Jerbung Berdasarkan Sekuens 16S-rRNA DNA Mitokondria” sebagai data dasar dalam rangka perbaikan mutu benih melalui program pemuliaan.

Gambar 1. Fenneropeanus merguensis de Man

Salah satu metode yang digunakan dalam penelitian ini menggunakan pemanfaatan Bioinformatika  yaitu pada tahap pengeditan hasil sekuensing 16S-rRNA mtDNA diedit menggunakan bantuan software BIO dan dilakukan analisis pensejajaran berganda dengan data sekuens tersedia di Bank Gen dengan Blast ( http://blast.ncbi.nim.nih.gov/blast.cgl ) setelah dilakukan analsis hasil sekuensing  dari 5 populasi udang jerbung dapat dikelompokan kedalam  2 kelompok utama yaitu

Kelompok 1 : populasi  Udang Jerbung dari NTB, Banten, Bengkulu, dan Jawa Tengah

Kelompok 2 : populasi Udang Jerbung dari Kalimantan Barat

Gambar 2. Skema Penggunaan Bioinformatika

Dari pengelompokan tersebut dapat disimpulkan bahwa udang jerbung populasi Kalimantan Barat dapat digunakan sebagai bahan untuk selective breeding dengan populasiu daerah lainnya untuk meningkatkan keragaman genetik.


Penggunaan Bioinformatika dalam dunia perikanan memang semakin meningkat. Agenda penelitian terkini tentang dunia perikanan terutama budidaya  mempunyai fokus pada isolasi dan identifikasi gen, fungsi gen, mekanisme ekspresi gen, manipulasi gen dan identifikasi serta pengembangan penanda molekular untuk pemetaan gen. Seluruh aktivitas penelitian tersebut bertujuan untuk mengembangkan sumber daya genetik menjadi sumber daya pangan yang potensial dalam meningkatkan produksi bagi kesejahteraan manusia.

Untuk Artikel ilmiah asli dapat dilihat disini “Fillogenetik Populasi UdangJerbung Berdasarkan Sekuens 16S-rRNA DNA Mitokondria”