Pemanfaatan Bioinformatika

Kontribusi Epidemiologi Molekuler untuk
Pemahaman dan Pengendalian Virus Penyakit pada
Salmonid Akuakultur

Dunia Budidaya memang sangat menguntungkan. Setiap tahun kebutuhan konsumsi ikan didunia semakin bertambah padahal hasil tangkapan ikan para nelayan di perairan setiap tahun semakin menurun, untuk memenuhi kebutuhan dunia akan bahan pangan yang memiliki kandungan protein tinggi (ikan) dunia budidaya menjadi tulang punggung  untuk memenuhi semua itu. Dengan luas perairan yang 2/3 luasan potensi dunia budidaya memang sangat besar. Namun diluar potensi-potensi tersebut terdapat bermacam-macam kendala dalam dunia Budidaya salah satunya adalah banyaknya virus yang menyerang kultivan budidaya sehingga menyebabkan banyak kerugian.

Dunia Budidaya memang tidak bisa lepas dari berbagai macam virus yang menyebabkan ikan yang dibudiayakan terkena penyakit sehingga mati. Salah satunya adalah Virus Dengue viral Septikemia (VHS)...
VHS adalah  virus yang paling penting dari finfish patogen di seluruh dunia dan didaftarkan sebagai patogen dilaporkan oleh banyak negara dan organisasi internasional. Sebelum 1988, VHS tidak diketahui terjadi di Amerika Utara, dan dianggap terbatas ke Eropa. Pada tahun 2005-2006, laporan dari wilayah Danau Besar menunjukkan bahwa ikan liar telah mengalami penyakit atau, dalam beberapa kasus, sangat besar die-off dari sekarang galur yang diidentifikasi sebagai tipe VHS IVB. Tipe IVB ditemukan di daerah Danau Besar adalah satu-satunya ketegangan di luar Eropa yang telah jelas dikaitkan dengan mortalities ikan air tawar. Sampai dengan akhir Mei 2007, VHS telah ditemukan di Danau Michigan, Danau Huron, Danau Ontario, Danau Erie, Danau St Clair, Sungai Saint Lawrence, dan yang paling baru-baru ini, di pedalaman danau di Wisconsin dan Michigan. Signifikan kematian telah dilaporkan dalam muskellunge, drum air tawar, goby, burbot, kuning bertengger, empedal shad, dan smallmouth bass. Jika virus menyebar di luar Great Lakes Basin atau ke sektor perikanan swasta, biologis dan dampak ekonomi yang diperkirakan akan sangat besar. Oleh sebab itu perlu pemahaman yang lebih baik dan pengendalian penyakit di akuakultur.

Gambar 1. VHS

Untuk mendapatkan pemahaman yang lebih baik dan pengendalian penyakit di akuakultur. Kita dapat menggunakan epidemologi molecular yaitu ilmu yang memanfaatkan biologi molekuler untuk menentukan distribusi penyakit pada populasi (epidemiologi deskriptif) dan sangat bergantung pada integrasi tradisional (atau analitis) pendekatan epidemiologi untuk mengidentifikasi faktor-faktor penentu etiologi dari distribusi. Perkembangan teknologi yang lebih baru memfasilitasi identifikasi dan eksploitasi biomarker molekular yaitu dengan bantuan bioinformatika , yang menggunakan pendekatan epidemiologi tradisional bersama telah menyebabkan pemahaman yang lebih baik tentang mekanisme yang mendasari penularan penyakit pada populasi.

Pendekatan semacam ini tidak hanya bergantung pada ketersediaan data genetic yang besar set yang berkaitan dengan filogenetis informatif yang dapat menggunakan bantuan bioinformatika dan didefinisikan daerah dari genom tetapi juga pada ketersediaan data yang berhubungan untuk menghubungi epidemiologi potensial. Yang terakhir ini seringkali lebih menantang untuk mendapatkan. Sebuah contoh dari aplikasi dan potensi alat-alat tersebut adalah terjadinya terbaru dari VHS penyakit pada ikan rainbow trout di Kepulauan Inggris, yang sampai titik ini memiliki sejarah kebebasan dari VHS. Para Penyakit ini pertama kali diidentifikasi dan terkandung di sebuah peternakan di North Yorkshire, Inggris pada Mei 2006 dan penyelidikan awal ke asal kemungkinan pengenalan terbukti meyakinkan.

Gambar 1. Bioinformatic software

terimakasih semoga bermanfaat...

Untuk artikel asli dapat dilihat DISINI........