Artikel
National Center of Biotechnology Information (NCBI)
Pendahuluan
Semakin lama di Zaman modern ini kebutuhan manusia akan informasi semakin besar. Manusia terkenal sebagai makhluk yang selalu merasa kurang, makhluk yang tidak pernah puas akan keadaan yang dihadapinya saat ini. Dengan kemampuan yang dimilikinya Manusia selalu memperbaiki keadaanya yang serba terbatas. Di latarbelakangi dengan kurangpuasnya manusia akibat berbagai macam keterbatasan yang mereka hadapi dalam mendapatkan Informasi, mendorong manusia untuk membuat seperangkat alat yang dapat membantu bekerja dengan informasi dan melakukan tugas-tugas yang berhubungan dengan proses informasi yang lebih dikenal dengan teknologi informasi. Banyak manfaat yang diperoleh dari penggunaan Teknologi Informasi walaupun tidak jarang menimbulkan beberapa dampak negatif dalam pemanfaatanya. Teknologi informasi sendiri menjanjikan efisiensi, kecepatan penyampaian informasi dan jangkauan yang Global dan transparansi. Karena beberapa keunggulan dalam pemanfaatan Teknologi Informasi itulah melatar belakangi berbagai bidang untuk memanfaatkan teknologi informasi ini. Salah satu bidang yang telah memanfaatkan teknologi informasi adalah bidang perikanan.
Dunia perikanan adalah bidang yang pada zaman ini mau tidak mau harus mengikuti teknologi yang semakin berkembang. Bidang ini memang terus selalu berkembang, hal ini dikarenakan sifat manusia yang selalu merasa kurang puas akan sebuah hal. Mungkin berapa puluh taun yang lalu jika ingin membudidayakan udang jumlah bibit yang bisa ditebar tidak terlalu padat karena beberapa faktor misalnya keterbatasan jumlah oksigen dalam setiap kolam terbatas. Udang yang akan dibudidayakanpun memerlukan waktu yang lama untuk dapat dipanen. Namun kemampuan manusia dengan memanipulasi lingkungan contohnya menambahkan pedhal wheel untuk menambah oksigen agar padat tebar dapat ditngkatkan atau dengan memanfaatkan bioteknologi memodifikasi genetika untuk mendapatkan kultivan yang lebih unggul maupun menambahkan bakteri probiotik dan pakan berprotein tinggi (30%) sehingga FCRnya baik.
Sifat manusia yang cenderung serakah dalam memanfaatkan sumberdaya yang ada membuat lingkungan budidaya seperti tambak mengalami penurunan kualitasnya dikarenakan Para pembudidaya terlali intensif dalam melakukan kegiatan budidaya. Dengan turunya kualitas menyebabkan timbulnya berbagai masalah yang baru contohnya semakin banyak bakteri-bakteri baru yang dapat menyerang kultivan yang sedang dibudidayakan Salah satu solusi untuk mengetahui jenis penyakit apa yang menyerang organisme budidaya yaitu dengan test PCR (Polymerase Chain Reaction). Test PCR dapat mengetahui jenis penyakit dengan cara memperbanyak sekuen DNA dan RNA dari sampel yang diamati. Setelah diketahui susunan DNA dari sampel itu kemudian dicocokan kedalam database yang terdapat dalam NCBI (National Centre for Biotechnology Information) untuk mengetahui jenis dari bakteri atau virus yang menyerang organisme budidaya. Dengan munculnya penyakit-penyakit baru yang salah satu penyebabnya adalah pemanfaatan pakan yang terlalu berlebihan sebagai orang perikanan kita wajib tahu cara mengetahui jenis penyakit apa yang menyerang kultivan kita caranya yaitu lebih mengenal apa itu NCBI (National Center Biotechnology Information) karena dengan lebih mengenal NCBI banyak manfaat yang kita dapatkan tidak hanya mengetahui penyakit apa yang menyerang kultivan kita tetapi kita juga dapat mencaritahu taksonomi bakteri yang kita butuhkan untuk penelitian dll.
Tujuan
Tujuan dibuatnya artikel ini adalah untuk membuat pembaca lebih mengenal lebih dalam tentang NCBI
NCBI
NCBI merupakan server yang memuat data base tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa aktif dan taksonomi. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para peneliti di dunia. National Center of Biotechnology Informatic adalah bagian dari Amerika Serikat National Library of Medicine (NLM), sebuah cabang dariNational Institutes of Health . Para NCBI terletak di Bethesda, Maryland dan didirikan pada tahun 1988 melalui legislasi disponsori oleh Senator Claude Pepper. Untuk mengakses NCBI dapat dibuka di http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ .
GenBank adalah Bank database sekuen genetik, semua sekuen DNA teranotasi dan tranlasinya yang dipublikasikan di seluruh dunia ada di sini. Data pada GenBank selalu bertambah setiap saat. GenBank dikelola oleh NIH (National Institute of Health) pemerintah Amerika, dan merupakan bagian dari Kolaborasi Database Sekuen Nukleotida Internasional yang terdiri atas DNA DataBank of Japan (DDBJ), European Molecular Biology Laboratory (EMBL), dan GenBank sendiri di National Center for Biotechnology Information (NCBI). Ketiga organisasi ini selalu bertukar data setiap hari agar semua datanya selalu ter-update. NCBI telah memiliki tanggung jawab untuk membuat tersedia di GenBank DNA urutan database yang sejak tahun 1992. GenBank berkoordinasi dengan laboratorium individu dan database urutan lain seperti orang-orang dari Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL) dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ).
Berikut adalah Cara Browsing data dari GenBank
- Pilih preferensi pencarian yang digunakan misalnya Nukleotida dan ketikkan juga molekul yang ingin dicari misalnya INS sebagai kata kunci pencarian dan klik GO.
- Muncul berbagai pilihan sekuens yang berkaitan dengan INS dan dipilih (dengan cara sekuens sesuai kebutuhan). Sekuens dengan kode awal NM menunjukkan sekuens nukleotida sedangkan NP menunjukkan sekuens protein.
- Berdasarkan pulihan tersebut maka akan muncul tampilan dan pada tampilan tersebut discroll ke bawah maka akan diperoleh tampilan berikut. Terdapat beberapa kode yaitu NM dan NP. NM menunjukkan kode untuk memperoleh informasi mengenai nukleotida, sedangkan NP menunjukkan kode untuk memperoleh informasi mengenai protein.
- Diklik link FASTA untuk memperoleh sekuen nukleotida dari INS dalam bentuk FASTA
- Apabila diklik kode NM dan Gen Bank, maka akan diperoleh informasi mengenai sekuen
Sedangkan berikut adalah mendesain Primer menggunakan PCR
1. Buka website genbank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
2. Masukkan urutan DNA ke dalam kolom yang telah tersedia, pada bagian akhir klik GET PRIMER
3. Design primer juga dapat deperoleh dengan cara sebagai berikut, setelah diperoleh data nukleotida dari genbank, untuk memperoleh design primer dari sekuen nukleotida tersebut dapat dilakukan dengan memilih Analyzed This Sequence>Pick primer
4. Hasil dari pemilihan tersebut adalah halaman pengisian karakter-karakter primer yang diharapkan, kemudian pada bagian akhir pilih GET PRIMER
Kesimpulan
Dengan lebih mengenal NCBI pembaca dapat menggunakan NCBI terutama dalam pemanfaatan dibidang perikanan
Daftar Pustaka
Tidak ada komentar:
Posting Komentar